在河道清淤公司施工中，業主多以沿海疏浚工程和水利疏浚工程的定額標準為準招標，導致許多環保疏浚工程預算偏低。當前，我國環保疏浚工程單方均價一般在10元左右，有的疏浚單位甚至低于成本價中標。與荷蘭、日本等發達國家相比，環保疏浚工程一立方米平均單價一般在100元左右。市場失靈，讓有決心、有資金、有能力的施工單位受到了一定程度的擠壓和沖擊，給疏浚業的發展帶來了巨大的挑戰。
另外一個與農村河道清淤有關的問題是淤泥的處理。以往農村河道普遍存在著“挖河泥”的冬季作業，而且挖出的河泥經過腐爛后用作肥料的習慣，很自然地解決了淤泥流向的問題。如今由于鄉鎮企業的發展，使部分農村河道受到了工業廢水排放的污染，同時農村生活方式的變化，也使一些小工業廢料、生活垃圾棄置在河里。水源涵養力下降，水土流失面積減少，流域用水入不敷出。堅硬的駁岸使得水流速度加快，地下水轉化率降低，導致部分湖泊枯竭，干涸的河流干涸，北京五六十年代的地下水有效補給占地表徑流總量的60%，現在只有10%的地表徑流轉化為地下水。
